有机肥原料多种多样，这里拿畜禽粪便为例，以发酵形式、流动过程、发酵状况以及 提供氧气的方式为依据，将发酵系统划分为条垛式系统、发酵槽式系统和发酵仓系统 。

　　1.条垛式系统是一种传统的堆肥发酵系统，它将原料堆放成多条平行的条垛，其截面一般呈梯形、不规则四边形或三角形。这种发酵方法通常使用行走式翻堆机进行翻堆作业，以便定期为堆肥提供氧气。行走式翻堆机又称自走式翻堆机，按其行走方式可分为轮式翻堆机和履带式翻堆机，不同的高度和左右轮距适宜不同的产量需求，用户 可根据实际需要来购买相应的翻堆机设备。

　　2.发酵槽式系统是将原料放置在砌好的发酵槽中，由于有两侧墙壁挡着，便可以堆放较高的高度，较条垛式方法来说更节省空间，因此成为了有机肥生产厂家普遍使用的一种发酵方式。根据发酵产量的需求，适合槽式发酵系统使用的翻堆机有普通槽式翻堆机、链板式翻堆机、双螺旋式翻堆机等等，发酵槽高度也由1米至2米不等，发酵槽宽度在3米至10多米这个区间。

　　3.发酵仓系统是将原料置于部分或全部封闭的容器内，控制通气和水分条件，使物料得以进行生物降解。这种系统区别于前两者的地方在于它将生产有机肥的原料放置在一个密闭的容器内进行发酵，整个发酵过程中在通风、温控、湿控、物料腐熟及自动出料等方面实现了自动化。但从使用率上来讲，由于其高昂的投资成本，发酵仓系统目前在发达国家使用较为普遍，实现了半机械化操作。